Ayumu Aikawa est un lycéen tout à fait normal. Mais un jour, il se fait assassiner. Cependant, Yû aussi nommée Eucliwood Hellscythe, une nécromancienne, le ressuscite comme un zombie grâce à ses pouvoirs. Suite à ces événements, Ayumu se réveille dans un monde nommé Masô Shôjo. Dans ce monde, les filles peuvent utiliser la magie. Ayumu, ayant une dette, devint le serviteur de Yû, supervisé par une redoutable guerrière, Haruna.

Ce monde a eu droit à de nombreux crépuscules, et il se rapproche lentement de sa fin. Dans ce monde, aux extrémités ouest des « terres du crépuscule » existait une nation prospérant grâce à son utilisation de l'alchimie. Afin de survivre à l'arrivée éventuelle de « la fin du crépuscule », les habitants ont dédié leurs efforts à la redécouverte et à la création des anciennes technologies alchimiques perdues. La redécouverte des technologies des ères passées est conduite dans la ville de Central. C'est la qu'étaient menées les recherches pour arrêter l'avancée de l'obscurité.